แต่เดิมกองคลังมีชื่อหน่วยงานว่า งานการเงินและบัญชี ซึ่งเป็นหน่วยงานภายใต้สำนักงานบริหาร มหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา โดยได้เริ่มก่อตั้งในปี พ.ศ. 2542 ซึ่งมีภารกิจในการควบคุมการเบิกจ่ายเงินตลอดจนการรับเงินค่าลงทะเบียน
ของนิสิต และเรื่องอื่น ๆ ที่มหาวิทยาลัยมอบหมาย
ต่อมาในปี พ.ศ. 2544 ได้มีการปรับเปลี่ยนโครงสร้างใหม่ เพื่อให้สอดคล้องกับการบริหารงานของวิทยาเขตสารสนเทศพะเยา ซึ่งได้แบ่งการบริหารงานเป็น 2 สำนัก คือ สำนักบริหารและสำนักวิชาการ ในระหว่างนี้เป็นงานการเงินและบัญชีอยู่ในส่วนงานบริหารกลาง
อยู่ภายใต้การบริหารงานของสำนักบริหาร มหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา
ซึ่งประกอบไปด้วยงานสารบรรณ งานประชุมและพิธีการ งานพัสดุ งานประชาสัมพันธ์ งานการเจ้าหน้าที่ งานยานพาหนะ ร้านจำหน่ายของที่ระลึกและงานถ่ายเอกสาร เพื่อให้การบริการเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพและประสิทธิผล
จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2547 วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา ได้ปรับเปลี่ยนโครงสร้างการบริหารงานขององค์กรเพื่อให้มีความคล่องตัวในการปฏิบัติงาน โดยแบ่งออกเป็น 8 สำนัก คือ
1. สำนักงานวิทยาเขตสารสนเทศพะเยา
2. สำนักวิชาศิลปศาสตร์
3. สำนักวิชาวิทยาการจัดการและสารสนเทศศาสตร์
4. สำนักวิชาวิศวกรรมศาสตร์
5. สำนักวิชาวิทยาศาสตร์สุขภาพ
6. สำนักวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
7. สำนักวิชาเทคโนโลยีและการสื่อสาร
8. สำนักวิชาเกษตรศาสตร์ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
ซึ่งส่วนงานบริหารกลางอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของหัวหน้าสำนักงานวิทยาเขตสารสนเทศพะเยา และส่วนงานบริหารกลางได้แบ่งการบริหารจัดการออกเป็น 9 งาน คือ งานสารบรรณ งานการเจ้าหน้าที่ งานการเงินและบัญชี งานพัสดุ งานประชาสัมพันธ์ งานประชุมและพิธีการงานยานพาหนะ งานเอกสาร และร้านขายของที่ระลึก
ในปี พ.ศ. 2550 สภามหาวิทยาลัย ได้ออกระเบียบมหาวิทยาลัยนเรศวร ว่าด้วยการบริหารงานของมหาวิทยาลัยนเรศวรพะเยา พ.ศ. 2550 โดยให้เปลี่ยนชื่อจาก วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา เป็นมหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา โดยให้มหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา เป็นองค์กรเบ็ดเสร็จในด้านการบริหารงานบุคคล วิชาการ และงบประมาณของมหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา ในขณะนั้นสำนักงานวิทยาเขตสารสนเทศพะเยา ได้เปลี่ยนเป็นสำนักงานมหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา ซึ่งงานการเงินและบัญชีได้เปลี่ยนโครงสร้างเป็นส่วนงานการคลังและพัสดุ อยู่ภายใต้การบริหารงานของสำนักงานมหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา โดยมีรองผู้อำนวยการกองคลังมหาวิทยาลัยพะเยา เป็นหน่วยงานภายใต้สำนักงานอธิการบดี มีหน้าที่สนับสนุนและส่งเสริมการบริหารจัดการด้านการเงินการคลังและพัสดุ จึงได้แบ่งโครงสร้างการบริหารจัดการ ออกเป็น 6 งาน ต่อมาตามคำสั่งมหาวิทยาลัยพะเยา เลขที่ 1779/2556 วันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2556 ได้ให้ร้านขายของที่ระลึกย้ายมาสังกัด กองคลัง
ต่อมาในปี พ.ศ. 2562 ตามประกาศ มหาวิทยาลัยพะเยา เรื่อง ประกาศมหาวิทยาลัยพะเยา เรื่อง การปรับปรุงโครงสร้างหน่วยงานย่อย ระดับงาน ภายในกองคลัง พ.ศ. 2562 โดยได้โอนย้าย ร้านจำหน่ายสินค้าที่ระลึก เป็นหน่วยงานย่อย ระดับงาน ภายในกองกลาง และเปลี่ยนชื่อเป็นร้านขายของที่ระลึก กองคลังจึงมีการแบ่งโครงสร้างการบริหารจัดการขึ้นใหม่ ดังนี้
1. งานธุรการและพัฒนาระบบ
2. งานการเงินจ่าย
3. งานการเงินรับ
4. งานบัญชี
5. งานบัญชีเจ้าหนี้
6. งานพัสดุ
เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม 2563 มหาวิทยาลัยได้ปรับปรุงโครงสร้างหน่วยงานย่อย ระดับงานภายในกองคลัง โดยได้โอนย้ายงานพัสดุ ไปเป็นหน่วยงานย่อย ระดับงาน ภายในสำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยพะเยา ปัจจุบันกองคลังมีโครงสร้างหน่วยงานภายใน จำนวน 5 งาน ดังนี้
1.งานการเงินรับ
2. งานการเงินจ่าย
3. งานบัญชีเจ้าหนี้
4. งานบัญชี
5. งานธุรการและพัฒนาระบบ
